Nació Luis Felipe Neri de Alfaro el 25 de agosto de 1709 en el seno de una familia acomodada y muy devota. Sin duda su nombre compuesto se le dio de San Felipe Neri y de San Luis, rey de Francia, ya que a esos santos fue encomendado en su bautismo. Éste lo recibió en la Sagrario Metropolitana el 4 de septiembre, diez días después de ver la luz del mundo. Sus padres Esteban Valerio y María Velázquez del castillo.
Con el hecho de que lo pusieran al bautizarlo bajo el patrocinio de San Luis Rey, rey de Francia, y de San Felipe Neri, es la ubicación sobre la orientación religiosa afincada en la nobleza de la sangre y en el impulso renovador de la contrarreforma. Su primera infancia, fue infundida por temor a Dios, horror al pecado, devoción a la pasión de Jesucristo y afición a las penitencias, asistiendo dos veces por año a ejercicios espirituales de desagravios para impetrar la clemencia divina.
Luis Felipe Neri de Alfaro ingreso en el Seminario Real y Pontificio Arquidiocesano de México para cursar la carrera de Letras, pero su dedicación al estudio no le impidió el método de vida espiritual que de acuerdo con su confesor se había propuesto y de esa manera, la ciencia y la virtud crecían a la par en su alma.
En 1729 presento examen en la Real Pontificia Universidad de México para obtener el grado de Bachiller en Teología. Uno de sus sinodales fue el canónigo Bartolomé de Ita y Parra. A la edad de los 20 años, se trasladó a la villa de San Miguel el Grande para pedir ser admitido en la Congregación del Oratorio de San Felipe Neri. Sometido a pruebas en donde los sabios y los experimentados padres filipenses encontraron en este joven una virtud sólida, que no fue desmentida en las pruebas públicas y secretas, que le sujetaron para reconocer su vocaciónfue aceptado en el número de estudiantes que se preparaban para el ministerio sacerdotal felipense.
El 26 de mayo de 1730, fue consagrado a la festividad de nuestro glorioso Padre San Felipe Neri en este año realizo un epítome del Cursus tbeologiae moralis, de los padres carmelitas de Salamanca, recibiendo el reconocimiento y nombramiento de Comisario General del Santo Oficio.
En el periodo de 1733 y 1740 inició su labor apostólica fundando la iglesia de San Rafael, con su hermandad de la Santa Escuela, cuidando de ella y de su culto. Encontrándose en el atrio de la iglesia de San Rafael llamado por mucho tiempo Templo de la Fundación, porque fue construido cuando Fray Juan de San Miguel promovió el asentamiento de la villa Colonial.
En 1735 fundó el Santuario de Nuestra Señora de la Salud, redactando el novenario llamado Guirnalda de flores.
El 3 de mayo de 1740 se bendijo y colocó la primera piedra del santuario, construido y fundado en primera fase la nave, la torre y la sacristía con el fin de contraponer a los cultos aborígenes, al robo, al homicidio, a la prostitución a la lujuria la penitencia y la regeneración espiritual, mediante la devoción a Jesús Nazareno y los ejercicios espirituales.
El 24 de diciembre de 1759 dio inicio para la excavación de los cimientos de la capilla de Belén y el 4 de abril, viernes santo de 1760 la del santo sepulcro concluyendo esta capilla en el primer cuarto del año de 1763.
Murió el padre Alfaro el viernes 22 de marzo de 1776, dejando una obra religiosa que ha formado parte importante de los patrones culturales del mestizo mexicano por más de 200 años.