La actual sacristía no fue concluida en vida del padre Alfaro, si no durante la administración del capellán inmediato posterior, Francisco Dávalos, quien conservó el mismo orden de esas que dejó su fundador.
Encontrándose en ella una decoración de cuadros con marcos dorados, ellos son de Doctores y padres de la Iglesia, un cuadro de la última cena, un retrato del V. Padre Luis Felipe Neri de Alfaro, dos panoramas con leyendas explicativas en la que describe la topografía de la santa ciudad de Jerusalén, y de la beatífica ciudad de San Miguel el Grade, hoy de allende, explicando la relación y con el Santuario de Atotonilco respectivamente; un cuadro de Nuestra Señora del Rosario y otro del escudo de la Santa Adquisición.
Uno de los cuadros más importantes hallados ahí, son los de los paisajes de Jerusalén y San miguel los cuales ofrecen en cada uno de ellos una visión fragmentaria, como si estuvieran cortados, el de Jerusalén por su margen derecho y el de San Miguel por el izquierdo, mostrando lo más importante de cada uno de ellos.
Si se colocan unidos por los extremos mencionados, el cerro que ciñe a Jerusalén en forma de medio círculo, el Monte Sión, se complementa y continúa en el que alberga a San Miguel, el Moctezuma, que también lo ciñe en forma de medio círculo, formando una misma cosa.